纳克索斯是基克拉泽斯群岛（Cyclades）中面积最大的岛屿。
关于岛名的来历，有多种说法。一种说法认为名字来自“纳克索斯”本人，他是恩底弥翁（Endymion）之子，也是卡里亚（Carean）移民的首领。另一种说法认为名字来源于希腊语单词“naxae”，意指献给神明的丰厚祭品。
在威尼斯统治时期，该岛被称为“Naxia”或“Axia”，均为其古名与今名的变体。
在希腊神话中，纳克索斯以忒修斯（Theseus）杀死弥诺陶洛斯（Minotaur）后抛弃阿里阿德涅（Ariadne）的地方而闻名——阿里阿德涅也正是在这里遇见了酒神狄俄尼索斯（Dionysus），后者也是纳克索斯的守护神。
关于后来发生的事，故事有两个版本。一个版本说阿里阿德涅爱上了狄俄尼索斯；另一个版本则说阿里阿德涅心灰意冷，为躲避狄俄尼索斯的纠缠，从帕拉提亚（Palatia，即建有阿波罗神庙的山丘，当地人也称之为“波尔塔拉”Portara）的悬崖纵身跳入大海。
相传主神宙斯（Zeus）也曾造访此岛，岛上最高的山峰因此得名。据说这就是希腊天神宙斯与纳克索斯“宙斯山”之间渊源的由来。
纳克索斯岛拥有超过5000年的悠久历史。例如基克拉迪文明（Cycladic civilisation）的历史可追溯至公元前3000年。
在公元前1600年至公元前1200年期间，纳克索斯受到迈锡尼文明（克里特）的影响，这种影响至今仍能在岛上部分地区看到。到公元前700年，纳克索斯已开始发展海上贸易，并开始建立殖民地。这一点在提洛岛（Delos）上可见一斑，那里大部分的雕像和神庙都是用纳克索斯的大理石建造的。
此后，公元前523年，僭主利格达米斯（Lygdamis）夺取了岛屿的统治权，33年后该岛又被波斯人蹂躏。
公元前338年至公元326年间，该岛被罗马人占领；公元362年至1204年间则属于拜占庭帝国的一部分。1204年，马可·萨努多（Marco Sanudo）夺取了纳克索斯，并将大部分群岛组织成“纳克索斯公国”，自任第一任公爵。
他在纳克索斯镇（Chora）修建了一座由7座塔楼组成的坚固城堡（威尼斯城堡）。如今仅存两座原始塔楼（分别属于萨努多与格雷佐斯家族）。今天的城堡内是一座中世纪风格的居住建筑群，是希腊为数不多保存至今的此类遗迹之一。信奉天主教的威尼斯人后裔，至今仍居住在环绕该遗址的老宅之中。
他和他的继任者虽然统治手段强硬，但一直执政到1566年被土耳其人取代，臭名昭著的巴巴罗萨（Barbarossa）征服并劫掠了该岛。土耳其人的统治曾在1770年至1774年被俄国人短暂打断，并最终在1821年希腊独立战争中终结——纳克索斯人民在这场战争中发挥了重要作用。1828年，该岛终于与希腊其余地区统一。
在此期间及上个世纪，纳克索斯为希腊在政治、文学艺术、医学科学和体育等领域输送了众多杰出人物，并始终站在希腊争取独立、自由与和平斗争的最前线。即使在今天，岛上的当局仍在纪念那些为岛屿自由与和平而战的先辈。纳克索斯镇（Chora）及岛上其他村庄中的雕像，正是纳克索斯人民历史抗争的生动见证。